Karena sama-sama dipakai saat berobat, Kartu Indonesia Sehat dan BPJS Kesehatan memiliki kegunaan yang sama. Bedanya, KIS punya kegunaan bagi peserta tergolong kurang mampu agar bisa mengakses layanan kesehatan secara gratis. Penggunaannya pun gak terbatas di Fasilitas Kesehatan Tingkat I, tapi juga di Fasilitas Kesehatan lanjutan.

Walaupun berguna buat mendapat fasilitas pengobatan, Kartu Indonesia Sehat juga memiliki peran dalam melakukan pencegahan supaya peserta gak sampai jatuh sakit. Berbeda dengan BPJS Kesehatan, penggunaannya cuma bisa dilakukan kalau kondisi peserta emang diharuskan dapat pengobatan segera.